Χτίστηκε το 1856 πιθανότατα επάνω σε προϋπάρχων ναό της παλιάς πόλης. Ο ναός αποτελεί ένα ισορροπημένο συνταίριασμα αρχαιοελληνικής και ενετικής αρχιτεκτονικής. Πρόκειται για ναό ιδιαίτερα επιμελημένο στα επιμέρους στοιχεία του.
Η Αρχαιολογική Συλλογή της Ιεράπετρας στεγάζεται σε κτίριο που χρονολογείται από το 1899. Φιλοξενεί εκθέματα από τη Μινωική εποχή έως και τα Ρωμαϊκά χρόνια, μεταξύ των οποίων ξεχωρίζουν η Μινωική Σαρκοφάγος, καθώς και το άγαλμα της Περσεφόνης.
Σε κεντρικό σημείο της παλιάς πόλης, βρίσκονται το Τζαμί και η Οθωμανική Κρήνη. Χτίστηκαν στο τέλος του 19ου αιώνα, μετά από κατάληψη της εκκλησίας του Αγίου Ιωάννη.
Απέναντι από το Λιμάνι και το φρούριο Καλέ, ανάμεσα σε στενά σοκάκια και λουλουδιασμένες αυλές, χτυπά η καρδιά της παλιάς Ιεράπετρας. Με διάσπαρτα κτίσματα άλλων εποχών, η Κάτω Μερά συνθέτει ένα διαφορετικό τοπίο και δίνει το χρώμα μιας άλλης εποχής.
Εδώ σώζεται ακόμα και το σπίτι που σύμφωνα με την γεραπετρίτικη παράδοση φιλοξένησε το Μέγα Ναπολέοντα το 1798 στην πορεία του προς την Αίγυπτο.
Χτισμένος αρχές του 13ου αιώνα από το Γενοβέζο πειρατή Πεσκατόρε, ο Καλές αποτελεί ένα μνημείο σύμβολο για την πόλη της Ιεράπετρας. Με τους θρύλους των πειρατών να ζουν ακόμα στα τείχη του, στέκεται επιβλητικός στην είσοδο του παλιού λιμανιού, μαρτυρώντας την μακραίωνη ιστορία της πόλης.